什么是FISH?
當(dāng)然這里的FISH并非水里游的魚類,而是熒光原位雜交(fluorescence in situ hybridization,簡稱FISH),這是一種基于雙鏈核酸互補(bǔ)堿基配對的細(xì)胞或者組織中特定核酸序列(DNA或者RNA)檢測的技術(shù)。就如同釣魚一般,根據(jù)堿基互補(bǔ)原則,當(dāng)使用已知標(biāo)記單鏈核酸為探針(餌),如果與樣品中的未知單鏈核酸(魚)發(fā)生了特異性結(jié)合,形成可被檢測的雜交雙鏈核酸,并對該特定核酸順序進(jìn)行精確定量定位。
F:熒光(Flourescence)顯微鏡用于對靶核酸序列位置進(jìn)行成像。該技術(shù)的其他變體也使用顯色原位雜交(CISH)。
IS:靶核酸序列在其所在的細(xì)胞或組織的空間環(huán)境中原位(in suit)檢測。FISH提供有關(guān)位置的信息,以及靶核酸序列的同一性和多樣性。
H:識別特定核酸序列的基本原理是通過互補(bǔ)堿基配對將單鏈探針序列與單鏈靶序列雜交(hybridization)(圖1)。
圖1.熒光原位雜交(FISH)示意圖。用于臨床細(xì)胞遺傳學(xué)的DNA探針通常長度約為100,000個堿基(100 kb),每100個堿基約有5個染料。
FISH在生物醫(yī)學(xué)研究中的應(yīng)用
FISH使科學(xué)家和臨床醫(yī)生能夠繪制基因圖譜,研究染色體組織,診斷和評估遺傳疾病,并表征染色體異常。一個感興趣的領(lǐng)域是染色體末端端粒區(qū)域的分析。端粒通過保護(hù)染色體末端不降解,在細(xì)胞分裂過程中保存遺傳信息方面發(fā)揮著關(guān)鍵作用。端粒異常(如重復(fù)或缺失)可以通過使用FISH的篩選輕松識別,其中端粒用熒光探針序列標(biāo)記(圖2)(1)。鑒于端粒不規(guī)則性可導(dǎo)致各種疾病,例如與年齡相關(guān)的綜合征或癌癥,端?;兊蔫b定可以為疾病機(jī)制提供新的見解,并指導(dǎo)靶向治療的開發(fā)(2)。
(1)Telomere analysis using 3D fluorescence microscopy suggests mammalian telomere clustering in hTERT-immortalized Hs68 fibroblasts.
(2)Molecular cytogenetic analysis of telomere rearrangements.
雖然FISH是生物醫(yī)學(xué)研究中使用的強(qiáng)大細(xì)胞遺傳學(xué)工具,但細(xì)胞內(nèi)特定核酸序列的可視化在很大程度上依賴于照明的質(zhì)量和功能。通過在面對嚴(yán)苛的工作負(fù)載時能保持始終如一的性能,Lumencor 光引擎使臨床醫(yī)生、研究人員和設(shè)備制造商能夠?qū)崿F(xiàn)更好的基因組和分子診斷。
圖2.人類細(xì)胞的染色體組型,該細(xì)胞在分裂中期含有46條染色體。DNA以DAPI染色(藍(lán))并通過使用PNA-TeIC探針(綠)以FISH檢測端粒。由于每條染色體含有兩個染色單體,并且每個染色單體中都包含兩個端粒,因此共觀察到184個雜交探針。(圖像比例尺=5μm)
*圖像是使用Nikon Ti Eclipse寬場系統(tǒng)和Lumencor Light Engine獲取的,Lumencor系列固態(tài)光源可以適配各類主流顯微鏡品牌。
FISH光源的五大照明要求,固態(tài)光源來滿足
1.支持多重檢測的光譜范圍
Lumencor的SOLA FISH光引擎是為FISH應(yīng)用量身定做的型號,其輸出的光譜允許使用具有五個或者更多激發(fā)/發(fā)射波長范圍的熒光標(biāo)記來同時檢測相應(yīng)數(shù)量的不同DNA靶序列。遺傳性疾病通常是多因素的,因此這種光譜的多樣性是一種普遍的要求。例如,特異性分析物試劑盒(analyte specific reagent kits) 如Vysis MultiVysion PB 多色FISH探針試劑盒 (Abbott Molecular) 可以用于同時檢測13、16、18、21和22號染色體的拷貝數(shù),這對于檢測對胎兒健康和生存能力有重大影響的染色體異常至關(guān)重要。固態(tài)光源(如SOLA FISH)有助于設(shè)計(jì)光譜輸出,以盡可能滿足于此類細(xì)胞遺傳性測試的要求(圖3)。
圖3.SOLA FISH光引擎輸出光譜和chroma激發(fā)濾光片,用于SpectrumBlue、SpectrumAqua、SpectrumGreen、SpectrumGold 和 SpectrumRed。這些熒光團(tuán)被摻入用于確定染色體 13、16、18、21 和 22 的拷貝數(shù)的 FISH 探針中,這在多重檢測允許同時檢測。
2.線性光強(qiáng)調(diào)制
使用SOLA FISH等固態(tài)光源時,輸出光可通過20倍動態(tài)范圍的線性控制響應(yīng)進(jìn)行電子衰減。當(dāng)需要調(diào)整照明強(qiáng)度以適應(yīng)樣本之間的差異時,通過電子軟件控制即可完成,這是可預(yù)測和可重復(fù)的方式,而無需插入中性密度濾光片等附加光學(xué)元件。此外,使用電子衰減時輸出光譜也不會受影響。
3.設(shè)備間的一致性
當(dāng)購買用于多個細(xì)胞遺傳學(xué)檢測設(shè)備的光源組時,所有光源的性能和操作特性的一致性至關(guān)重要。低方差意味著內(nèi)部數(shù)據(jù)一致和操作效率。固態(tài)光引擎(如 SOLA FISH)顯然滿足這些要求,多個設(shè)備間光譜輸出相當(dāng)一致(圖 4)。
圖4.隨機(jī)選擇的28臺Lumencor SOLA光引擎的光譜分布和光功率。2%的方差系數(shù)表明光引擎之間的一致性和相同的有效性能。
4.使用壽命長、運(yùn)行可靠
固態(tài)光源無需維護(hù),與每年需要數(shù)千美元更換燈泡的汞燈以及金屬鹵化物燈相比,其耗材費(fèi)用極低。SOLA FISH的成本可以在其10-15年的工作壽命內(nèi)的2-3年內(nèi),通過耗材支出的節(jié)省得到回收。
5.內(nèi)置計(jì)量和自動化兼容性
SOLA FISH 等現(xiàn)代固態(tài)光源集成了板載微處理器,除了控制操作外,還可以監(jiān)控系統(tǒng)性能。累計(jì)光輸出時長、功耗和內(nèi)部工作溫度等數(shù)據(jù)可用于上傳到實(shí)驗(yàn)室信息管理系統(tǒng) (LIMS) 并支持監(jiān)管合規(guī)性驗(yàn)證。此外,多個光引擎可以通過以太網(wǎng)連接,允許從單個中心點(diǎn)進(jìn)行操作控制。
總的來說,Lumencor的SOLA FISH光引擎結(jié)合了厲害的技術(shù)、可靠性和成本效益,使其成為各種研究和臨床環(huán)境中FISH應(yīng)用的選擇。
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